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网曝黑料 转载哈工大新闻网:哈工大仪器学院李浩宇陶冶团队攻克超分别永劫程成像贫困 讨论恶果在《当然神情学》发表
发布日期:2024-10-07 21:43 点击次数:138
近日,我校仪器学院先进光电成像技能讨论室(IPIC)李浩宇陶冶团队在生物医学超分别显微成像技能限制赢得突破性施展。针对现在活体细胞超分别成像限制中光子服从不及的贫困,团队提倡一种基于无监督学习的自启发去噪神情,通过无监督深度学习技能,在无需大考验集和高信噪比真值图像的条款下,将光子服从擢升了两个数目级,收尾了在低光照条款下的慈祥、永劫程活体成像。永恒以来,现存显微成像技能无法兼顾弱光毒性、高空间分别率和高时分分别率等方面的需求,而该技能突破了这一瓶颈,仅使用单一噪声帧即可去噪,在转盘共焦超分别显微系统上见效不雅察到了长达3小时的五维(xyz-神气-时分)有丝分裂经过,分别率达到90nm。该技能具有广宽的适用性,可广宽应用于多样超分别系统,为在超分别圭臬下讨论细胞器相互作用旨趣过火他生物医学讨论提供了新的科学影像器用。9月11日,该讨论恶果以《自启发学惯用于活细胞超分别率显微镜去噪》(Self-inspired learning for denoising live-cell super-resolution microscopy)为题网曝黑料,以长文神情在线发表于外洋泰斗杂志《当然神情学》(Nature Methods,2023年影响因子49.0)上。
活细胞超分别荧皎皎微成像技能的发展指标是在生理友好的成像条款下保握有余的时空分别率。讨论词,擢起飞间分别率频频需要增多照明强度或延伸曝光时分,同期还需匹配时分分别率以防备通顺伪影,因此活细胞超分别成像中光子服从的擢升至关紧迫。深度神经汇聚哄骗监督学习拟合噪声图像与干净图像之间的映射,简略显赫擢升光子服从,讨论词其需要收罗普遍配对的干净图像,难以应用于活细胞。无监督学习去噪神情给超分别成像擢升光子服从提供了另一种遴荐,但仍需要普遍的噪声图像对其进行学习,去噪效果有限且数据服从低。因此,如何能在有限的数据下、在无需噪声图像对条款下,竖立无监督学习去噪神情擢升超分别显微系统光子服从,收尾活细胞超分别圭臬下永劫程成像指标,如故现在该限制内的挑战。
针对上述问题,李浩宇陶冶团队提倡了一种自启发学习超分别去噪神情(Self-inspired Noise2Noise, 以下简称SN2N)。SN2N哄骗超分别系统的空间采样冗余特点策动自监督数据生成计谋,从单张图像生成所需的噪声对图像行动数据集,并竖立自拘谨学习计谋,进一步提高去噪性能和数据服从,使去噪效果迫临监督学习水平。最终,SN2N简略将超分别显微系统的光子通量擢升两个数目级以上。此外,SN2N可与多种常用光学超分别显微成像技能聚合,成为一种易于使用的光子通量擢升器用。该神情还包括细胞器结构的高精度分割经管决策,并提供智能预分析功能,有望促进卑鄙高通量生物信息分类和细胞器的高精度智能分割与跟踪。
四色活细胞超分别成像——揭示细胞器互作表象
讨论团队将SN2N神情进一步聚合解卷积技能(RL-SN2N)提高分别率,并应用于基于转盘共聚焦超分别显微系统(Spinning Disk Confocal Structured Illumination Microscopy, 以下简称SD-SIM)网曝黑料,收尾了明晰的四色活细胞成像(图片1)。SN2N使得快速而复杂的细胞器动态经过得以可视化,通过对不同细胞器的轨迹和空间散播进行注重纪录,跟踪多个细胞器之间的相互作用事件,深切探索细胞器之间的协同作用和相互作用关联。
图片1:SN2N在SD-SIM系统上的四色活细胞成像遗弃:线粒体(绿色)、内质网(灰色)、溶酶体(红色)、高尔基体(蓝色)。
视频在线看五维活细胞永劫程超分别成像——圆善纪录有丝分裂经过
讨论团队还使用所竖立的神情在SD-SIM系统上见效收尾了分别率高达90纳米的五维(xyz-神气-时分)永劫程活细胞超分别成像。该技能揭示了在通盘这个词细胞有丝分裂经过中内质网(洋红色)、线粒体(绿色)和细胞核(青色)之间的动态组学互作,监测时分跳跃3小时,为生物学家进一步探索细胞器的功能和相互作用关联提供了紧迫的实验依据(图片2)。
图片2:SN2N收尾五维永劫程活细胞成像,纪录有丝分裂圆善经过。
形象地说,SN2N技能就像一面神奇的镜子,通过自我反射和自我启发,将恶浊的图像飘浮为明晰的图景,把那些难以辨识的生物信息迟缓呈现出来。它就像一位出色的解密者,简略将荫藏在迷雾中的生物宇宙的深重逐个揭示。SN2N精巧地哄骗了超分别率显微成像系统的物理特点,无需普遍匹配图像的补助,使得活细胞慈祥、永劫程的超分别成像成为施行。SN2N不仅摧毁了传统超分别显微成像技能在光子服从和数据需求方面的瓶颈,还能应用到多种现存的超分别显微镜系统。通过SN2N,生物学家简略在永劫程、高分别率下,明晰地不雅察细胞里面复杂的动态变化,从而更精确地解读细胞的功能与机制。这一技能的应用,为深切探索细胞里面结构提供了全新的视角,同期也为生物医学讨论和疾病机制的默契提供了强有劲的器用。
该论文是第一篇哈工大为论文第一单元的《当然神情学》著作。哈工大仪器学院博士讨论生曲丽颖为论文第一作家,北京大学赵士群副讨论员和哈工大仪器学院博士讨论生黄园园为论文共同第一作家。哈工大仪器学院赵唯淞陶冶为论文通信作家,李浩宇陶冶和谭久彬院士为论文共同作家。该项责任受到科技部重心研发讨论和国度当然科学基金模样资助。
论文贯穿:https://www.nature.com/articles/s41592-024-02400-9
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